ENS - Enseignement

TP Biologie Atelier Terrain (BAT)

Anne Zalmanski — 2023-07-20T15:09:01Z

Licence 3 ENS Biologie - L3

2025-2026 - Semestre 1

UNBIO1-016 | TP Biologie Atelier Terrain (BAT)
Biodiversité des levures environnementales

3 ECTS

Emploi du temps 2025-2026

Durée :Mercredi matin, du 8 octobre au 10 décembre 2025.
Lieu : QLab, pièce 507, 1 Rue Maurice Arnoux, 92120 Montrouge
Coordination : Alice LEBRETON, directrice de recherche INRAE, responsable de l'équipe Dynamique du dialogue bactérie-cellule, IBENS, ENS-PSL
Type d'enseignement : TP, expérimentation en laboratoire (QLab, ENS Montrouge)

Effectif maximal : 8 personnes (si plus de 8 inscrits, le TP sera dédoublé et aura lieu une semaine sur deux).

Prérequis pour le cours : BCPST ou L2 de biologie

Objectifs et description du cours :
Expérimentation guidée mais libre au cours d'un mini projet de recherche visant à isoler et caractériser des levures sauvages à partir d'échantillons collectés sur le site de la station écologique de Foljuif.

choix des échantillons,
culture dans un milieu d'enrichissement puis réisolements,
démarche de caractérisation des levures (conditions de croissance, appréciation olfactive, observations macro- et microscopiques, analyse moléculaire, séquençage….)

Évaluation : Rapport écrit, gestion de l'espace expérimental, suivi des règles de sécurité, participation à la discussion scientifique.

Sortie terrain Foljuif

Anne Zalmanski — 2023-07-20T15:04:54Z

Licence 3 ENS Biologie - L3

2025-2026 - Semestre 1

UNBIO1-016 | Sortie terrain Foljuif

6 ECTS

— Emploi du temps 2025-2026 et syllabus —

Année et semestre : L3 | S1
Durée : du 22 au 26 septembre 2025
Coordination : Samuel ABIVEN (Directeur de l'Ecotron à Foljuif, Département de Géologie ENS Paris), Jean-François LE GALLIARD
Credits : 2 ECTS
Type d'enseignement : Observation, expérimentation, cours-discussion, collecte d'échantillons

Mots clés : stage de terrain

Prérequis pour le cours : BCPST/ L2 biologie

Objectif et description du cours :
Quatre jours d'immersion à la station écologique de Foljuif à Saint-Pierre-lès-Nemours (logement sur place) :
– présentation et visite du site,
– lecture des paysages (sol, plantes,…),
– observation-description des éco-systèmes,
– simulation climatique (Ecolab en classe inversée),
– collecte d'échantillons (sol, écorce….pour la réalisation des TPs optionnels ‘BAT').

Stage commun à la promo L3 de Géosciences (J1 à J3) et stage dédié à la promo L3 biologie (J4).

Évaluation :
Le module sera évalué de manière individuelle sur le travail de terrain du mercredi. Le travail pratique sera par groupe, mais chaque étudiant devra rédiger un rapport. Seule la partie écrite est évaluée. Le stage correspond à 2 ECTS.

Lectures recommandées : :
R.R. Weil and N.C. Brady. 2017. The Nature and Properties of Soils. 15 th Ed. Pearson/Prentice Hall, Upper Saddle River, NJ. 1086 p. ISBN-13 : 978-0-13-325448-8.
Six, J., 2002. Organic matter turnover. Encyclopedia of soil science 936–942.

Groupe de lecture de mathématiques pour la biologie

Morgane Thomas-Chollier — 2023-03-24T13:32:02Z

Code du cours : UNBIO2-107 (G10)

Responsable : Amandine VEBER - Denis THIEFFRY

Type d'enseignement : CM et TD

ECTS : 6

Mots clés :

Prérequis pour le cours :

Programme de mathématiques de classes préparatoires, ou au minimum du L1-L2 de SU ou équivalent.

Objectif et description du cours :

Le groupe de lecture de Modélisation mathématique des systèmes biologiques aura lieu le jeudi de 14h à 16h à l'IBENS à partir de fin janvier, animé par Denis Thieffry et Amandine Veber.

Il est ouvert aux étudiant.es de tous les départements de l'ENS (de la 1ère à la 4ème année).

Le but est de discuter, à travers des présentations d'articles effectuées en groupe par les étudiants, des questions biologiques auxquelles la modélisation peut contribuer et différents outils mathématiques que l'on peut utiliser dans ce but. Chaque séance est encadrée par un chercheur ou une chercheuse spécialiste du sujet traité. Trois thèmes différents seront abordés, chacun sur 4 séances :

– Evolution des populations et espèces, encadré par Amaury Lambert (IBENS) et Violaine Llaurens (ISEB) ;

– Epidémiologie des maladies infectieuses, encadré par Simon Cauchemez (Institut Pasteur), Lulla Opatowski (Institut Pasteur et UVSQ) et moi-même ;

– Détection de motifs sur l'ADN, encadré par Sophie Schbath (INRAE) et Denis Thieffry (IBENS).

Évaluation : La validation se fait par la présentation de 2 exposés et la rédaction d'un court compte-rendu (2-3 pages) sur chacun des 3 thèmes.

Support de cours :

Lectures suggérées :

Introduction à l'écologie et aux sciences de la biodiversité - PSL Week

Anne Zalmanski — 2023-01-09T14:36:36Z

25IN_106_PSLweek_introduction_ecologie_2025-2026

PSL Graduate Program in Earth and Biodiversity Sciences (Eabis, ENS
UNBIO2-106 | Introduction à l'écologie et aux sciences de la biodiversité - PSL Week
Year and Semester : M1 | S2
First and last day of class : Mars 3 – Mars 6, 2026
Hours : 09:00-12:00 | 14:00-17:00

Coordination

Mathilde Scheifler, ENS

Credits

2 ECTS

Keywords

Écologie, biodiversité, évolution, écologie des populations, interactions biotiques, crise d'extinction, changement climatique

Course prerequisites

Aucun prérequis n'est attendu pour la semaine. Un bac scientifique est néanmoins conseillé.
Les modalités d'inscription sont détaillées sur le site des PSL weeks (https://psl-week.psl.eu).

Course objectives and description

Aims : L'objectif du cours sera de présenter les concepts de base de l'écologie et des sciences de la biodiversité dont l'étude est essentielle pour avoir comprendre les enjeux de la crise écologique actuelle.

Themes : Les notions abordées porteront notamment sur le concept de populations, les interactions entre espèces et leur environnement et comment l'ensemble façonne la stabilité et le fonctionnement des écosystèmes. Cette introduction sera également l'occasion d'étudier les différentes perturbations d'origine anthropique qui pèsent actuellement sur les écosystèmes et menacent la biodiversité.

Organisation :

Tout au long de la semaine, les matins seront consacrés à des cours magistraux qui présenteront les principales notions théoriques du domaine.
Les quatre premières séances porteront sur l'étude des écosystèmes en conditions naturelles, tandis que la dernière s'attardera sur les conséquences des activités humaines.

En début de semaine, des travaux dirigés seront par ailleurs prévus les après-midis afin de présenter certains types d'outils utilisés en écologie (expériences et/ou modélisation mathématique).
La séance du mercredi après-midi sera dédiée à une sortie naturaliste d'observation de la biodiversité.

Les séances auront lieu au Département de Biologie de l'ENS (46, rue d'Ulm, 75005 Paris), au 3ème étage, salle 321.
Programme :
Matin (9-12h) : CM
Après-midi (14-17h) : TD

Lundi 2 :
– Matin CM1 : La population
– Après-midi : TD1
Mardi 3 :
– Matin CM2 : Les interactions entre espèces
– Après-midi : TD2
Mercredi 4 :
– Matin CM3 : La biodiversité
– Après-midi : TD3 - Sortie naturaliste
Jeudi 5 :
– Matin CM4 : Structure et fonctionnement des écosystèmes
– Après-midi : Libre (préparation des rendus)
Vendredi 6 :
– Matin CM5 : La biosphère face aux perturbations anthropiques
– Après-midi : Validations

Assessment

La validation (2 ECTS) se fera sous forme de participation aux séances de TD, d'un QCM final et d'un rendu sur un thème en lien avec le CM5 à approfondir.

Initiative Parrain-Marraine

Anne Zalmanski — 2022-09-30T14:34:34Z

L'idée pour l'Initiative Parrain/Marraine a été conçue en 2021 par Pierre Paoletti, Directeur du Département de Biologie, en interaction avec les chefs d'équipe à l'IBENS.

Cette initiative a comme objectif d'approfondir les liens entre nos étudiant·es et nos équipes de recherche dans l'institut.
Elle réunit durant un an un·e étudiant·e de niveau L3 avec un·e chef d'équipe de l'IBENS.

Ensemble les binômes s'organisent pour se voir trois fois au cours du premier et du second semestre (avant le départ des étudiant·es en stage d'été), pour des discussions informelles.
Les sujets à aborder sont libres et au choix.
Ils peuvent couvrir :
– le métier de chercheur en général et de responsable de ‘labo' en particulier,
– les trajectoires de carrière dans la recherche,
– le choix et déroulement des projets scientifiques,
– les avancées et développements récents dans la recherche,
– les grandes questions scientifiques et technologiques ainsi que les défis dans les disciplines de recherche respectives,
– et bien sûr, toutes les questions qui préoccupent nos étudiant·es.

Chaque année, au début du mois d'octobre, les étudiant·es de L3 trouveront toutes les instructions en détail sur Moodle pour les aider à trouver leur parrain ou leur marraine.

Responsable : Iris Salecker, PR ENS

Introduction to Ecology

Anne Zalmanski — 2021-09-09T14:26:10Z

Biologie pour non biologistes

2025-2026 - Semestre 1

UNBIO1-103 | Introduction à l'Ecologie

0 ECTS

— Emploi du temps 2025-2026 et syllabus —

Responsables : Coordinator : Régis Ferrière

Mots clés : Keywords
Populations. Communities. Ecosystems. Environment. Species interactions. Ecological niche. Adaptation. Biodiversity. Ecological function.

Prérequis pour le cours : Prerequisites for the course :
This introductory course has no prerequisite.

Objectif et description du cours : Course objectives and description :
In this crash course (in English) I will introduce the basic notions of ecology.
Around the general concept of biodiversity, students will learn the principles of population dynamics, how to define an ecological community, what an ecosystem is, and examples of mechanisms that drive ecosystem function and the response of ecological systems to global environmental change.

This compact introductory course is intended to prepare the students to attend the ENS L3 course Ecologie & Biodiversité. The students will
• Acquire basic concepts, including : individual, population, community, ecosystem, ecological network, ecological function, environment, biogeochemical cycle.
• Apply basic concepts to describe the structure of real ecological systems (in class we will take the example of a coral reef ecosystem).
• Formulate simple research questions using basing concepts applied to real ecosystems.
• Learn about three main approaches to study ecological systems (long-term monitoring, experiments, mathematical and computational modeling).
• Read short articles from current ecological research literature.

Évaluation : Assessment / evaluation :
This course is not for credit ; there is no exam.

Support de cours / Course material (hand-outs, online presentation available, …) :
The supporting material (presentations, articles discussed in class) will be made available to the students.

Lectures suggérées : Suggested readings in relationship with the module content (textbook chapters, reviews, articles) :
No textbook is assigned but the following references are recommended to support and go beyond the material covered in class.
Barbault, R. (2008) Ecologie Générale. 6ème édition. Dunod, Paris.
Gotelli, N.J. (2008) A Primer Of Ecology. 4th edition. Sinauer Assoc.
Levin, S.A. ed. (2012) The Princeton Guide To Ecology. Princeton Univ. Press.
Ricklefs R., Relyea, R. (2014) Ecology : The Economy Of Nature. 4th edition. W.H. Freeman.

Biologie évolutive

Amélie Peres — 2018-02-06T14:18:02Z

Licence 3 ENS Biologie - L3

2025-2026 - Semestre 1

UNBIO1-012 | Biologie évolutive

6 ECTS

— Emploi du temps 2025-2026 & syllabus —

Année et semestre : L3 | S1
Durée : du 16 septembre 2025 au 6 janvier 2026
Coordination : Henrique TEOTONIO (MC, ENS)
Credits : 6 ECTS
Type d'enseignement : CM
Prérequis pour le cours : BCPST/ L2 biologie

Mots clés : phylogenetics, speciation, adaptation, population genetics, quantitative genetics

Objectif et description du cours :
Cette UE vise à familiariser les étudiants avec les principes fondamentaux et les outils de la théorie de l'évolution.
L'objectif principal est de comprendre les processus sous-jacents responsables de formes de vie observées dans la nature, allant de la diversité au sein des communautés écologiques à la variété des caractéristiques moléculaires.
Le cours explorera des concepts essentiels tels que la sélection naturelle, la dérive génétique, la mutation et la recombinaison. Une attention particulière sera accordée à l'étude des origines des espèces et à la préservation de la variabilité génétique au sein des populations naturelles. De plus, nous examinerons comment différentes hypothèses sont testées à travers des expériences.

Les méthodes d'inférence phylogénétique seront abordées, fournissant des informations sur les principales étapes et transitions de l'histoire de la vie.
Nous mettrons également en lumière les recherches contemporaines en biologie évolutive, en mettant l'accent sur l'évolution humaine, l'évolution du génome et l'évolution des histoires de vie.

Évaluation : Examen écrit

Support de cours : Les diapositives de cours seront disponibles sur le moodle du département.

Lectures suggérées :
Barton, N. H., Briggs, D. E. G., Eisen, J. A., Goldstein, D. B., & Patel, N. H. (2007). Evolution. Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Darwin, C. (1859). On the origin of species. John Murray.
Futuyma, D. J. (1998). Evolutionary biology (3rd ed.). Sinauer Associates.
Gayon, J. (1998). Darwinism's struggle for survival : Heredity and the hypothesis of natural selection. Cambridge University Press.
Lewontin, R. C. (1974). The genetic basis of evolutionary change. Columbia University Press.
Provine, W. B. (1971). The origins of theoretical population genetics. University of Chicago Press.
Thomas, F., Raymond, M., & Guégan, J.-F. (Eds.). (2016). Biologie évolutive. De Boeck Supérieur.

No special equipment or materials are required for this course.

Histoire de la biologie : les concepts de la biologie, perspectives historique et philosophique

Isabelle Mortimore — 2017-09-04T08:46:21Z

Licence 3 ENS Biologie - L3

2025-2026 - Semestre 1

UNBIO1-014 | Histoire de la biologie : les concepts de la biologie, perspectives historique et philosophique

4,5 ECTS

— [ Emploi du temps 2025-2026 : voir ci-dessous ] —

Année et semestre : L3 | S1
Durée : du 28 octobre au 16 décembre 2025
Coordination : Laurent LOISON, CNRS, IHPST (UMR 8590)
Type d'enseignement : CM

Mots clés :

Prérequis pour le cours :

Objectif et description du cours :

L'objectif de ce cours est d'exposer, dans une perspective critique, le contenu théorique des principaux concepts à l'œuvre dans les sciences du vivant.
Chaque séance est dévolue à un concept spécifique, dont l'emploi continue d'être problématique dans la biologie actuelle. L'histoire des sciences permet de montrer comment les différentes significations des concepts ont été élaborées.
Sont ainsi examinés les contextes idéologiques et théoriques et les données empiriques qui ont produit ces significations. A cette restitution historique s'articule une critique philosophique visant à expliciter les limites des usages possibles des différents concepts étudiés. Cette mise en perspective critique s'appuie sur les débats actuels au sein de la biologie et sur les travaux les plus récents dans le domaine de la philosophie des sciences.
A la fin de chaque cours une bibliographie commentée est proposée aux étudiants afin de leur permettre d'approfondir l'un ou l'autre aspect en fonction de leurs besoins.

– Séance 1 : Lamarck et la constitution de la biologie
– Séance 2 : La théorie cellulaire
– Séance 3 : La sélection naturelle
– Séance 4 : La génétique classique
– Séance 5 : La théorie synthétique de l'évolution
– Séance 6 : La biologie moléculaire

Évaluation : Exposé du contenu d'un livre

Support de cours :

Lectures suggérées :

Biologie cellulaire

Amélie Peres — 2017-09-04T08:27:52Z

—2025-2026 planning—

Code du cours : UNBIO2-025 (221)

Intitulé : Biologie cellulaire I

Responsable : Andréa DUMOULIN

Type d'enseignement : CM + travail personnel

ECTS : 6

Mots clés :

Prérequis pour le cours : BCPST ou L2 Sciences de la Vie, Médecine, etc.

La première partie (5 séances) porte sur la signalisation cellulaire.
La deuxième partie (7 séances) porte sur différents sujets abordés à travers des cours-séminaires.

– Les étudiants de la L3 Biologie sont inscrits d'office dans ce cours.

– Pour les étudiants d'autres départements, CPES, etc. la procédure est la suivante : contacter la responsable du cours (andrea.dumoulin chez ens.fr) afin d'avoir son autorisation. Une fois celle-ci obtenue, vous inscrire en consultant ce lien.
Une capacité maximale de 24 personnes est prévue pour ce cours afin d'optimiser l'organisation du travail personnel.

Objectif et description du cours :

L'objectif de ce module est d'apporter des connaissances nouvelles à travers deux types d'enseignements. D'une part le travail personnel qui aboutit à des présentations orales devant la classe (et constitue un entraînement aux séances des ateliers méthodologiques du semestre 1), et d'autre part les cours-séminaires assurés par des chercheurs, qui sensibilisent les étudiants aux aléas de la recherche et à la transmission des connaissances depuis la perspective d'un chercheur.

Les thématiques suivantes seront abordées :
– signalisation cellulaire (travail personnel),
– cytosquelette,
– cycle cellulaire,
– cytokinèse,
– cancer et transduction du signal,
– fonctions nucleaires,
– transport nucléo-cytoplasmique

Le module Biologie Cellulaire I prépare les étudiants au module Biologie Cellulaire II, en M1.

Évaluation : présentation orale, QCM, questions de cours

Support de cours : polycopiés

Lectures suggérées : livre de texte classique en Biologie Moléculaire de la Cellule (Alberts, Lodish, Cooper, ...).

Biostatistiques

Isabelle Mortimore — 2017-09-04T06:40:01Z

—Planning 2025-2026 —

Code du cours : UNBIO2-017 (224)

Intitulé : Biostatistiques

Responsables : Pierre VINCENS

Type d'enseignement : CM et TD

ECTS : 6

Mots clés :

Prérequis pour le cours : BCPST/ L2 biologie

Objectif et description du cours :

Les méthodes statistiques sont d'un usage général en Biologie. Le but de cet enseignement est de présenter les principaux tests et leurs applications en Biologie. Le module s'articule autour de cours et travaux dirigés et d'un projet encadré s'appuyant sur un cas réel d'étude statistiques de données. Ces études de cas feront appel au logiciel R présenté dans le module "Outils informatiques pour Biologistes".

Évaluation : examen écrit et présentation orale du projet.

ENS - Enseignement

TP Biologie Atelier Terrain (BAT)

Sortie terrain Foljuif

Groupe de lecture de mathématiques pour la biologie

Mots clés :

Prérequis pour le cours :

Objectif et description du cours :

Support de cours :

Lectures suggérées :

Introduction à l'écologie et aux sciences de la biodiversité - PSL Week

Coordination

Credits

Keywords

Course prerequisites

Course objectives and description

Organisation :

Assessment

Suggested readings in relation with the module content

Initiative Parrain-Marraine

Introduction to Ecology

Biologie évolutive

Histoire de la biologie : les concepts de la biologie, perspectives historique et philosophique

Objectif et description du cours :

Biologie cellulaire

Objectif et description du cours :

Biostatistiques

Mots clés :

Objectif et description du cours :

Support de cours :

Lectures suggérées :